Das Institut konzentriert sich fachlich auf folgende Bereiche:
- Fischökologie und Fischereibiologie
- Ökologie aquatischer Invertebraten
- Gewässermonitoring und -bewertung
- Statistische Analyse von Umweltdaten
- Biologische Maßnahmen zur Seesanierung
- Ökologische Durchgängigkeit von Fließgewässern
- Gewässerrenaturierung
- Stoffhaushalt und Stoffkreisläufe in Flüssen und Seen